植物科学常用数据库大全

来源：Mol Plant植物科学

01

综合性数据库

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作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

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农业生物数据库和相关资源综合平台

植物比较基因组学资源库

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

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作物EST序列及相关分子信息数据平台

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Gramene：用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

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蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

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URGI：针对有农学意义的植物研究生物信息平台

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agriGO：GO分析工具包和数据库综合平台

基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库

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植物基因组序列数据库

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二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源

植物基因组数据库

植物snoRNA基因数据库

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植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

作物代谢途径数据库

植物器官研究数据库

植物细胞的信号转导分析数据库

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库

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植物转录因子数据库

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植物转录因子数据库

作物EST数据库

植物顺式调控DNA元件数据库

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植物线粒体蛋白运输元件数据库

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生物microRNA数据库

FAT-PTM：用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

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谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库

拟南芥和玉米蛋白质组数据库

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ATTED-II ：基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

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植物Circular RNAs数据库

植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息

植物性状全球数据库

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植物基因和基因组重复的数据库

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植物microRNA数据库

植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站

植物非编码RNA数据库

植物长非编码RNA数据库

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植物抗病R基因数据库

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拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库

植物启动子数据库

02

拟南芥数据库

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拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库

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拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库

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拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库

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拟南芥质体蛋白数据库

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拟南芥发育关键基因数据库

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拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库

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基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库

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拟南芥转录调控图谱数据库

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拟南芥根部单细胞RNA测序数据库

03

水稻数据库

国家水稻数据中心

BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台

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粳稻日本晴基因组注释计划

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粳稻日本晴基因组注释计划

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水稻EST数据库

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水稻突变体数据库

水稻功能基因组表达数据库

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水稻逆转座子Tos17插入突变数据库

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水稻T-DNA插入突变数据库

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籼稻cDNA数据库

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水稻遗传学和基因组学数据库

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水稻基因共表达数据库

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水稻糖基转移酶数据库

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籼稻基因组的综合生物信息学平台

04

其他作物数据库

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小麦基因组信息数据库

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小麦蛋白质组数据库

小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库

大麦种质资源和基因组分析数据

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大麦基因组资源平台

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玉米基因组数据库

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玉米基因组和遗传分析平台

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玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库

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大豆基因组学和分子生物学数据库

大豆蛋白质组数据库

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国际豆科植物数据库和信息服务

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棉花基因组学，遗传学和育种数据库

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番茄功能基因组数据库

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番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台

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茄科物种基因组测序数据库

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管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库

药用植物基因组和代谢组资源库

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马铃薯生物信息数据库

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葡萄育种和遗传信息综合数据库

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谷子功能基因组学数据库

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辣椒基因组信息数据库

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面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库

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重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库

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生物信息学工具

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TargetP：亚细胞定位/N端功能肽预测

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EasyGo：提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息

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SMART：蛋白保守结构域预测工具

GenAlEx：群体遗传分析软件

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MapMan：适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架

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GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台

BAR：植物生物学分析工具平台

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CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包

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CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包

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ACT：拟南芥共表达分析工具

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OryGenesDB：用于水稻反向遗传学研究的交互式工具

T-DNA Express：拟南芥基因定位工具

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pssRNAit: 通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA

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DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具

STAG-CNS：一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具

FED：基因组编辑外源成分检测平台

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GeneCloud：使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述

参考来源：

科研服务（合作招商）

| 植物、农残、昆虫等近1000种指标检测试剂盒 | 专利申请 | 转基因植株快速检测 | 组织培养 | 酵母双杂交 | 植物抗体 |

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